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title: "Procesadores de texto Markup: ms all de MS Word \n"
  
author: Hugo Saiz^1^
  
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> (1) Departmento de Biologa y Geologa, Fsica y Qumica Inorgnica, Escuela Superior de Ciencias Experimentales y Tecnologa, Universidad Rey Juan Carlos. C/ Tulipn s/n, 28933 Mstoles, ESPAA

> Autor para correspondencia: Hugo Saiz [saizhugo@gmail.com]


# Palabras clave

> Procesador de texto; Lenguaje Markdown; Lenguaje Tex; RMarkdown


# Keywords

> Text processor; Markdown language; Tex language; Rmarkdown


Con la aparicin del lenguaje de programacin R los eclogos hemos empezado a perder el miedo a los programas informticos que sustituyen los clicks de ratn en mens y pestaas por el uso del teclado para escribir lneas de comando. El principal motivo de ello es que R proporciona unas ventajas que otros programas de anlisis estadstico no tienen (*p.ej.* es gratuito y de cdigo abierto, permite realizar casi cualquier anlisis y reproducirlo en otro ordenador, se actualiza constantemente, etc), por lo que el esfuerzo dedicado a aprender R es una inversin que en el futuro nos permitir resolver nuestros problemas de manera ms eficiente. En esta nota voy a presentaros alternativas a los procesadores de texto tradicionales (*p.ej.* MS Word) y comentar qu beneficios pueden suponer para realizar trabajos cientficos. 

Los procesadores de texto por comandos se basan en una idea sencilla. Cuando escribimos un cdigo informtico, cada lnea de cdigo que escribimos le indica al programa la accin a realizar. Por ejemplo, cuando en R escribimos:

```
     x <- mean(c(1,2,3))
```

estamos indicando al programa que cree un objeto "x" que contenga la informacin "promedio de los nmeros 1, 2 y 3". Al ejecutar esta lnea obtenemos un objeto x con valor dos.

Del mismo modo, en procesadores de texto basados en comandos podemos indicar mediante cdigo qu formato queremos que tengan las palabras (*p.ej.* cursiva, negrita), los prrafos (*p.ej.* sangrados, separacin entre prrafos) e incluso el documento entero (*p.ej.* numeracin de pginas, interlineados). Por ejemplo, en Markdown (un lenguaje para escribir mediante comandos) cuando escribimos:

```
     **Negrita** y *cursiva*
```

el resultado es "**Negrita** y *cursiva*".

Existen diferentes procesadores de texto basados en comandos, como [LaTex](https://www.latex-project.org/) o los programas basados en lenguaje Markdown. Adems, incluso R tiene un paquete especfico ([Rmarkdown](http://rmarkdown.rstudio.com/)) que permite crear textos dentro de la propia consola de R y combinarlos fcilmente con otras salidas del programa. As, es posible aadir las figuras y tablas en el texto directamente conforme las vamos creando en R. El poder combinar diferentes funciones como analizar datos y escribir textos dentro de un mismo programa supone varias ventajas, como por ejemplo permitir el intercambio de informacin entre usuarios sin tener que recurrir al envo de varios ficheros. Es por ello que en los ltimos aos varios usuarios han propuesto el uso generalizado en ciencia de estos programas sobre los procesadores de texto tradicionales.   

En general, los partidarios de los procesadores de texto basados en comandos presentan diferentes ventajas que haran de estas herramientas ms deseables en investigacin:

1. *Permiten incluir ecuaciones de manera ms sencilla*. Existen disciplinas cientficas como matemticas y fsica donde el uso de ecuaciones en artculos cientficos es comn. Por ello, es necesario contar con un procesador de texto que permita escribir ecuaciones de forma rpida y simple. Si bien es cierto que MS Word ha mejorado mucho incluyendo complementos como [MathType](http://www.dessci.com/en/products/mathtype/), los matemticos y fsicos prefieren utilizar procesadores de texto  por comandos para escribir sus trabajos cientficos [@brischoux2009don].    

2. *Simplifican el cambio de formato*. Cuando se enva un trabajo cientfico a una revista, es habitual tener que enviar el texto con un formato particular (*sensu* bibliografa, numeracin de pginas, etc) que puede cambiar en funcin de la revista. Esto implica que cada vez que se enva un trabajo hay que invertir tiempo en comprobar que el trabajo se acomoda a dicho formato. Sin embargo, en los procesadores de texto por comandos el formato se define en lneas de cdigo, que adems pueden estar proporcionadas por las propias revistas (aunque no es comn en ecologa). Adems, existen repositorios de internet como [citationstyles](http://citationstyles.org/) o paquetes de R como [rticles](https://cran.r-project.org/web/packages/rticles/index.html) que tambin incluyen informacin de formatos de revista. De esta forma, simplemente habr que cambiar estas lneas de cdigo para tener el artculo con el nuevo formato que nos interese. 

3. *No tienen problemas de compatibilidad y ocupan poco espacio*. Los textos generados por estos procesadores suelen estar en formatos de texto universales (*p.ej.* ".txt") que pueden ser abiertos por cualquier ordenador. De hecho, existen revistas cientficas que permiten enviar los trabajos en estos formatos de texto. Adems, los archivos de texto ocupan menos espacio que los archivos de los procesadores tradicionales como los ".doc", por lo que tambin hacen que trabajar sobre el documento sea mucho ms eficiente.    

4. *Facilitan el intercambio de archivos y la reproducibilidad en la ciencia*. Al poder combinar dentro de un nico archivo texto con otros componentes, como anlisis estadsticos, cualquiera puede reproducir exactamente un trabajo cientfico al completo. De esta forma, al recibir un trabajo no slo tendramos acceso a la informacin escrita en el mismo sino que podramos hacer los anlisis, comprobar los datos, etc. En resumen, tendramos toda la informacin necesaria para replicar el trabajo. Adems, si compartimos los archivos en repositorios como [GitHub](https://github.com/), el sistema permite llevar un registro de todos los cambios que se hagan sobre el documento, pudiendo identificar en todo momento cundo y quin ha realizado qu modificacin, y haciendo muy sencillo recuperar versiones anteriores del trabajo. 

5. *Es software libre y gratuito*. Programas como MS Word requieren comprar licencias de usuario, que adems no garantizan el acceso a nuevas versiones del producto. Sin embargo, los procesadores de texto por comando son gratuitos y al ser de cdigo abierto, cualquiera puede modificarlos para el beneficio de (normalmente) todos los usuarios.

Por supuesto, el uso de este tipo de procesadores no est exento de problemas. El principal de ellos es que requieren un proceso de aprendizaje mayor que los procesadores de texto tradicionales, lo cual puede resultar problemtico para usuarios no acostumbrados al uso de comandos. Por ejemplo, un estudio de la universidad de Giessen [@knauff2014efficiency] encontr que los nuevos usuarios de MS Word escriban de foma ms eficiente que los nuevos usuarios de LaTex. Aunque el estudio mostr que LaTex tambin presentaba algunas ventajas (*p.ej.* ms eficiente para escribir ecuaciones, produce menos cansancio), la respuesta general fue que trabajando en MS Word se escriba ms rpido y con menos errores. Por ello, muchos usuarios de procesadores de texto tradicionales consideran que el esfuerzo necesario para aprender procesadores alternativos no compensa las posibles ventajas que stos puedan tener.

Cmo escribir un trabajo cientfico es una decisin personal que depende de cada autor. Mi objetivo no es convencer a nadie para que cambien MS Word por algn procesador de texto basado en comandos. Simplemente, es dar a conocer esta herramienta de trabajo tan comn en otras disciplinas cientficas. Al final, cada uno debe trabajar con el mtodo en que se sienta ms a gusto. Personalmente, al trabajar en equipo lo ms eficiente es que todos los colaboradores trabajen usando las mismas herramientas. Sin embargo, nunca est de ms aprender nuevas herramientas que puedan resultar necesarias para trabajos futuros. Por ejemplo, las cada vez ms comunes colaboraciones entre fsicos y eclogos [@vermeulen2013understanding] pueden hacer necesario el conocimiento de este tipo de herramientas. De este modo, cuando nos llegue el momento de trabajar juntos podamos todos comunicarnos en el mismo idioma.

En esta nota he tratado de presentaros un alternativa para escribrir textos cientficos. Ahora ya depende de cada uno sumergirse en el mundo de los procesadores de texto por comandos. Existen muchos manuales abiertos y gratuitos [@oetiker1995introduccion;@baumer2014r] para comenzar a manejar este tipo de programas, y decidir qu mtodo de trabajo nos parece el ms adecuado. Sin embargo, no debemo olvidar que el objetivo de la ciencia es transmitir los descubrimientos para que todo el mundo pueda beneficiarse de ellos. Ms importante que el "cmo", es el "qu" escribimos. Y este "qu" siempre debe ser lo ms riguroso posible, ya escribamos en MS Word o en cualquier otro programa.   

####Agradecimientos
Gracias al grupo de ecoinformtica de la AEET, en especial a I. Bartomeus, I. Mendoza, AJ. Prez-Luque y F. Rodrguez-Snchez, por su revisin de esta nota. Hugo Saiz cuenta con una beca Juan de la Cierva-Formacin del MINECO. Esta nota ecoinformtica est escrita en RMarkdown. El archivo donde se incluye todo el cdigo para reproducir el texto est incluido como material suplementario (S1).

####Referencias

